Die Renaturierung der Großen Nister und der Aufbau einer ökologisch hochwertigen Artengemeinschaft sind das vorrangige Ziel der ARGE Nister. Die ehemals vorhandene Flora und Fauna soll insgesamt wieder hergestellt werden. Die formulierten Ziele werden in enger Abstimmung mit der Wasserwirtschaft (Staaliches Amt für Wasser- und Abfallwirtschaft; Montabaur), der Bezirksregierung Koblenz (Obere Fischereibehörde und obere Landespflegebehörde), der Verbandsgemeinde Hachenburg, den Kreisverwaltungen Westerwald und Altenkirchen sowie diversen Anliegergemeinden und Forstämtern verfolgt.

Dem Gewässer soll mehr Raum gegeben werden, damit sich die Gewässerdynamik wieder entfalten kann. Unterschiedliche Habitate innerhalb der Aue müssen vernetzt werden. Weiterhin ist die hindernisfreie Durchwanderbarkeit für Fische und Kleinlebewesen innerhalb des Gewässersystems, also die lineare Durchgängigkeit, ein wichtiges Entwicklungsziel.

Ein weiteres Ziel der ARGE Nister ist die Verbesserung der Gewässergüte.